Các hầm được phân bố trên 2/3 quả đồi, cửa hầm hướng xuống chân đồi, hầm có hình chữ nhật, chiều rộng bằng 2/3 chiều dài. Trừ hầm số 1 chìm sâu xuống lòng đất, các hầm còn lại đều nổi lên mặt đất từ 1/3 đến 2/3 chiều cao của hầm. Hầm được xây dựng kiên cố bằng bê tông cốt sắt, trần hầm có độ dày 0,5m.

Những hầm này còn được gọi là chuồng cọp, trong hầm được chia thành 2 dãy xà lim chuồng cọp, mỗi chuồng rộng 0,9m, dài 0,2m, cao 1,5m phía trên đầu là một lưới sắt, mỗi hầm có 1 lỗ thông hơi nhỏ.

Tùy theo thành phần và đối tượng mà thực dân Pháp và đội ngũ tay sai tổ chức giam giữ ở các hầm khác nhau. Ngoài giam giữ tội phạm về hình sự của các tôn giáo (chủ yếu là Phật giáo), người trong các tổ chức chính trị đối lập, những người tham gia các cuộc đấu tranh biểu tình như học sinh, sinh viên, tiểu thương..., nhà giam Chín Hầm là trung tâm giam giữ các cán bộ chiến sĩ cách mạng mà chúng bắt về từ nhiều nơi trên cả nước.

Đáng kể nhất là căn hầm số 8 - căn hầm được gọi là "Địa ngục trần gian". Hầm có diện tích 72,88m2, tường dày 0,40m, về cấu trúc xây dựng cũng tương tự các hầm khác, tuy nhiên được thiết kế hơi chìm sâu xuống lòng đất. Hầm chỉ có một cửa chính ra vào (rộng 1,5m và cao 2m) làm bằng thép đặc biệt, bên trên có một lỗ thông hơi khoảng 30cm. Trong hầm được phân chia thành 20 ô xà lim biệt giam, chia làm hai dãy, mỗi dãy 10 xà lim, ở giữa có lối đi rộng gần 2m. Mỗi xà lim có chiều dài 1,8m, rộng 0,80m, cao 1,8m; tường ngăn cách giữa các xà lim dày 0,2m, bên trên xà lim có chắn các song sắt với 16 thanh ngang và 2 thanh dọc đan chắn trên đầu; phía trước xà lim đóng kín bằng một cánh cửa rộng 0,6m, cao khoảng 1,5m. Mỗi xà lim được lót một tấm ván hẹp để tù nhân nằm và một cái xô sắt để đi vệ sinh. Đây là căn hầm Ngô Đình Cẩn sử dụng giam giữ những chiến sĩ công sản như Phan Trọng Tịnh, Nguyễn Minh Vân, Nguyễn Văn Quý, Nguyễn Đình Trân, Nguyễn Văn Hội, Nguyễn Văn Nại, Lê Văn Hoàng, Lý Văn Liễn, Nguyễn Hữu Đà, Nguyễn Đình Tỉnh, Bùi Bá Vu... và rất nhiều chiến sĩ Cộng sản trung kiên khác.

Từ khi Chín Hầm được xây dựng xong hàng ngàn người yêu nước của bao thế hệ con người Việt Nam đấu tranh chống lại chế độ tay sai thực dân, đế quốc xâm lược đã phải sống và chết nơi chốn lao tù này. Sau năm 1954, Chín Hầm là trung tâm giam giữ những chiến sĩ cách mạng. Đây là một kiểu nhà tù đặc biệt điển hình của chế độ gia đình trị họ Ngô ở miền Trung.

Để khủng bố tù nhân, bọn tay chân của Ngô Đình Cẩn đã thực hiện các hình thức tra tấn dã man, đánh đập tra tấn lúc nào chúng muốn, với đủ hình thức tra tấn: Đóng người lên tường, dùng dao xẻo từng miếng thịt, tra điện vào đầu ngón tay, ngón chân… hay bắt tù nhân phải thức suốt ngày suốt đêm, buộc người tù phải kéo dài cơn hấp hối trong muôn vàn đau đớn.

Vào đây, mỗi tù nhân được cấp một lon uống nước, dĩa ăn cơm, xô đi tiểu tiện và đại tiện. Căn hầm luôn tràn ngập mùi hôi thối bốc lên từ xác chết của chuột, mùi sủng mục của những vũng nước ứ đọng không kịp thoát, mùi máu mủ của những vết thương lở loét không được điều trị trộn lẫn với mùi phân người.

Người tù còn chịu vô số âm thanh, hít thở mùi hôi thối, đối diện với bức tường câm lặng, chống chọi với muỗi, rắn, rết; với cái đói, cái khát, cái lạnh của mùa đông, cái nắng, nóng của mùa hè, những cơn đau dày vò cơ thể mà không được thuốc thang.

Người tù muốn sống thì phải ăn, nhưng ăn ở đây cũng có thể nói là một cách hành hạ tù nhân hiểm độc. Hằng ngày, hai bữa sáng, tối là cơm nguội, cơm hẩm, cơm sống, cơm mang xuống hầm khi nào cũng nguội và ôi. Những hạt cơm khô rời rạc, nhai nghe sừng sực chẳng có tí chất dẻo nào. Thức ăn thường là rau cho lợn với một ít cá khô mục hoặc mắm thối. Thỉnh thoảng, thức ăn với cơm còn trộn một ít đất hoặc dầu hỏa. Đáng sợ nhất là cơm trộn với muối kéo dài đến hàng tuần. Đó là đòn dứt điểm đối với những tù nhân đang kiệt sức không thể kéo dài thêm sự sống.

Nguyễn Đình Quảng (1923-2014, thân phụ Nguyễn Đình Hiến, thân mẫu Tôn Nữ Thị Trinh) tên hay dùng là Nguyễn Minh Vân, bút danh là Nguyễn Dân Trung, thường gọi là anh Năm Trung là một trong ba đồng chí bị giam tại hầm số 8, sống sót sau vụ đảo chính tháng 11/1963 (cùng đồng chí Bùi Bá Vu, Nguyễn Văn Quý). Đồng chí đã tận mắt chứng kiến cuộc sống tù đày của các anh em tù chính trị với những thiếu thốn về vật chất và tinh thần, bị đày ải giữa cái sống và cái chết kề cận trong gang tấc, nhưng với bản lĩnh thép, kiên cường của người chiến sĩ cộng sản, đồng chí sáng tác và học thuộc lòng 3.000 câu thơ. Sau này 3.000 câu thơ được tập hợp lại thành một tập thơ với tựa đề “Sống trong mồ”.

Trích từ bài "Tử ngục Chín Hầm - những điều cần biết" của tác giả Lê Thị Mai An đăng trên Báo Thừa Thiên Huế ngày 5/3/2021.