Lịch sử xây dựng lăng Dục Đức cũng phức tạp theo những biến động trong nội bộ triều đình và hoàng gia nhà Nguyễn, kể từ khi vua Tự Đức thăng hà vào ngày 19-7-1883. Vì vua Tự Đức không có con để nối ngôi, cho nên ngai vàng của triều đình Nguyễn trở nên đẫm máu do sự thao túng để nắm giữ quyền hành giữa một bên là các Phụ Chính Đại thân Tôn Thất Thuyết, Nguyễn Văn Tường, và một bên là Tòa Khâm sứ Pháp. Cái ngai vàng ấy đã được ba đời vua là Dục Đức, Hiệp Hòa và Kiến Phúc thừa kế liên tục chỉ trong vòng 4 tháng, sử gọi là “Tứ nguyệt tam vương”, rồi tiếp tục được chuyển cho 4 đời vua nữa trong vòng thời gian ngắn là Hàm Nghi, Đồng Khánh, Thành Thái và Duy Tân.
Vua Dục Đức tên thật là Nguyễn Phúc Ưng Chân, sinh năm 1852, khi lên 2 tuổi, được vua Tự Đức chọn làm con nuôi và làm Dục Đức Đường trong kinh thành cho ở. Vị hoàng trưởng tử này lấy con gái của đại thần Phan Đình Bình; đến năm 1879, sinh ra Bửu Lân tức vua Thành Thái sau này. Khi vua Tự Đức qua đời, vị hoàng trưởng tử 32 tuổi lên nối ngôi, nhưng chỉ sau ba ngày thì bị phế (23-7-1883) và bị quản thúc tại Thái Y Viện, cuối cùng chết đói ở nhà ngục Thừa Thiên sau 7 ngày không cho ăn uống (6-10-1883); để lại 8 bà vợ, 11 người con trai và 8 người con gái. Mộ chôn tạm tại khe cồn Phước Quả, gần chùa Tường Quang. Mấy hôm sau triều đình mới cho người vợ chính là bà Từ Minh được phép lên thăm mộ và làm lễ chịu tang ở chùa Tường Quang.
Sau nhiều biến cố khó dự đoán, trong điều kiện cụ thể của bối cảnh lịch sử bấy giờ, người con trai của vua Dục Đức là Nguyễn Phúc Bửu Lân được đưa lên ngôi vua vào năm 1889, với niên hiệu Thành Thái. Sau khi lên ngôi, vua Thành Thái liền cho xây lăng mộ của cha đàng hoàng và đặt tên là An Lăng. Nơi thờ thì có chùa Tường Quang cách 200 mét. Năm 1891, triều đình vua Thành Thái cho xây dựng một ngôi miếu ở phường Thuận Cát, gần bên phải Hoàng thành để thờ vua Dục Đức, đặt tên là Tân Miếu (Năm 1897, đổi tên là Cung Tôn Miếu). Năm 1892, bà Từ Minh Hoàng Thái Hậu - mẹ vua Thành Thái xuất tiền đúc tượng Phật và mở rộng nhà tăng của ngôi chùa Tường Quang, năm sau vua Thành Thái cho đổi tên thành chùa Kim Quang và ban cho chùa tấm hoành phi đề 5 chữ “Sắc Tứ Kim Quang Tự”.
Đến tháng 7 năm Thành Thái thứ 11 (8-1899), nhà vua cho xây dựng điện Long Ân gần khu vực lăng mộ vua Dục Đức để thờ cha. Trong khuôn viên này có xây dựng thêm một số nhà của phụ thuộc như Tả, Hữu phối đường, Tả Hữu tòng viện dành cho 7 bà vợ thứ của vua Dục Đức ăn ở để lo hương khói phụng thờ. Năm 1906, bà Từ Minh tạ thế, triều đình cho quy hoạch lại khu vực lăng mộ vua Dục Đức, làm thành một khu lăng kép, xây mộ bà gần mộ ông theo kiểu “song táng”, “càn khôn hiệp đức” như ở lăng Thế tổ Cao Hoàng Đế và Thừa Thiên Cao Hoàng Hậu (lăng Gia Long)