Trong thời kỳ này vẫn tiếp tục quá trình di dân từ phía Bắc vào châu Thuận Hóa, hàng loạt các làng mới được thành lập như: Đa Cảm, Vĩnh Cố (nay là Vĩnh An), Đàm Bổng (nay là Ưu Điềm), Phò Trạch, Đường Long (Chí Long), Chánh Lộ (Chánh Lộc), An Triền (Hòa Viện), Hương Triền (Thanh Hương), Vĩnh Áng (Vĩnh Xương), Thanh Cần, Triều Sơn, Địa Linh, La Khê, Bao Vinh, Đức Bưu, Dương Xuân, Hoài Lai, Phổ Lại, Vân Căn, Sơn Tùng, Hoa Lang, Trung Tuyền (Trung Đồng), Đại Lộc, Kế Môn, Thế Chí, Toản Vũ (Thành Công), Bình Trị (Vĩnh Trị), Thai Dương, Hòa Duân, Hà Cùng (An Dương), Cự Lại, Kế Chủng (Kế Sung), Đông Dương, Vinh Hoài, Duy Sơn, Tân Chu, Nghi Giang, Diêm Trường, Phụng Chính.
Năm Bính Tuất (1466) vua Lê Thánh Tông tổ chức cải cách hành chính đặt 13 đạo Thừa tuyên trong cả nước, trong đó có Thừa tuyên Thuận Hóa; đổi lộ thành phủ, trấn thành châu, các chức Chuyển vận thành Tri huyện, Tuần sát thành Huyện thừa, Xã quan thành Xã trưởng. Thừa tuyên Thuận Hóa được tổ chức thành phủ Tân Bình gồm 2 huyện, 2 châu và phủ Triệu Phong gồm 6 huyện, 2 châu. Phần đất Thừa Thiên Huế ngày nay thuộc 3 huyện Kim Trà, Đan Điền và Tư Vinh nằm trong phủ Triệu Phong.
Năm 1469, quân Chiêm Thành lại khởi sự chiến dịch quấy phá Hóa Châu, Tháng 9/1470, vua Chiêm Thành là Bàn Trà Toàn chỉ huy 10 vạn quân và voi ngựa tiến đánh châu Hóa. Cuối năm đó vua Lê Thánh Tông ngự giá thân chinh đánh Chiêm Thành. Sau nhiều trận giao tranh, quân Chiêm tan vỡ, vua Lê Thánh Tông đã đưa quân đánh vào tận kinh đô Bồ Đàn của Chiêm Thành, bắt sống Trà Toàn đem theo về Đại Việt.
Chiến dịch bình định phương Nam của quân dân Đại Việt dưới quyền Tiết chế của vua Lê Thánh Tông đã chấm dứt mối đe dọa xâm lấn Hóa Châu của quân Chiêm Thành (1741). Phần đất Thừa Thiên Huế không còn là phên giậu, mà biên cương đã vào tận phía Nam Bình Định. Quan quân và nhân dân đã ra sức khôi phục và tái thiết Thuận Hóa. Hưởng ứng chủ trương di dân, một số quan quân Nam chinh trở về đã đem gia đình và bà con từ các vùng quê phía Bắc, đa số là Thanh Hóa, Nghệ An vào khai khẩn đất hoang và các vùng đất bị tàn phá, nhân dân lưu tán do chiến tranh, lập thành những làng ấp mới trên đất Thuận Hóa.
Theo danh mục trong Hồng Đức bản đồ soạn ngày 6/4 năm Hồng Đức 21 (1490), 3 huyện thuộc phần đất Thừa Thiên Huế ngày nay gồm có: Kim Trà 22 làng, 20 thôn, 3 nguồn, Đan Điền 60 làng, 14 thôn, 4 sách, 1 nguồn, Tư Vinh 69 làng, 4 sách, 1 thôn.
Sau chiến thắng Bồ Đàn năm 1471 của quân dân Đại Việt, trong đó có sự đóng góp công sức, xương máu của quân dân Thuận Hóa, vùng đất này đã được hưởng thanh bình, ổn định liên tục trong vòng 50 năm.
Địa chí Thừa Thiên Huế - Phần Lịch sử
(Nhà Xuất bản Khoa học xã hội - năm 2005)