Nằm trên núi Túy Vân (hay Thúy Vân sơn), ngọn núi được vua Thiệu Trị xếp hàng thứ 9 trong 20 cảnh đẹp xứ Thần Kinh, bên cạnh cửa biển Tư Dung (ngày nay là cửa biển Tư Hiền, thuộc xã Vinh Hiền, huyện Phú Lộc, tỉnh Thừa Thiên Huế), chùa Thánh Duyên được dựng dưới thời chúa Nguyễn Phúc Tần (nửa sau thế kỷ XVII) là một ngôi Quốc tự nổi tiếng của xứ Huế xưa. Trải qua thời gian chùa đã nhiều lần được trùng tu, sửa chữa nhưng cho đến nay vẫn là một ngôi quốc tự đẹp nổi tiếng xứ Huế.

Năm 1996, Chùa Thánh Duyên đã được Nhà nước công nhận là di tích văn hóa - lịch sử cấp Quốc gia.

Theo “Đại Nam nhất thống chí”, vào năm 1648, chúa Nguyễn Phúc Tần tuần du qua phá Tam Giang và phát hiện ra một thảo am nhỏ. Chúa đã cho dựng một ngôi chùa nhỏ trên nền thảo am xưa để làm nơi cầu phúc cho muôn dân. Trải qua bao năm binh hỏa, chùa bị bỏ hoang, đến năm Minh Mạng thứ 6 tức là năm 1825 vua qua đây và cho xây dựng lại chùa. Nhưng phải đến năm 1836, vua mới cho xây dựng chùa một cách hoàn chỉnh và ban sắc phong lên hàng quốc tự.

Chùa gồm 1 chùa, 1 gác và 1 tháp. Chùa gọi là Thánh Duyên, gác gọi là Đại Từ, tháp gọi là Điều Ngự. Nhà vua cũng ban 2 câu đối về tên của chùa như sau: “Thánh tức thị Phật, Phật tức thị thánh, hữu thị Thánh, phương khai Phật pháp chi sùng thâm - Duyên bổn thị nhân, nhân bổn thị duyên, hữu thị duyên, nãi khuyếch thiện nhân chi quảng bị”; dịch nghĩa là: “Thánh tức là phật, Phật tức là thánh, bởi có thánh hiền mới khai tỏ Phật pháp thâm sâu - Duyên gốc tại nhân, nhân gốc tạ duyên, hễ có nhân đức mới mở rộng thiện duyên khắp nẻo”.

Là thắng cảnh nổi tiếng của kinh đô Huế nên trước đây núi Túy Vân và chùa Thánh Duyên thường là nơi lui tới của các bậc tao nhân mặc khách. Đặc biệt, vua Minh Mạng, vua Thiệu Trị, vua Tự Đức cũng từng nhiều lần ghé thăm và để lại nhiều áng văn thơ tuyệt tác ca ngợi cảnh đẹp nơi này. Điển hình như bài thơ “Vân Sơn thắng tích” của vua Thiệu Trị và 4 bài thơ ca ngợi cảnh đẹp chùa Thánh Duyên, gác Đại Từ, tháp Điều Ngự, núi Tuý Vân của vua Minh Mạng. Các bài thơ này đều được khắc trên bia đá và hiện vẫn còn lưu giữ ở chùa.

Chùa mang đậm phong cách kiến trúc thời nhà Nguyễn, không nguy nga, đồ sộ, lại có nét nhỏ nhắn, khiêm nhường mà tinh tế. Chánh điện được xây theo lối nhà rường truyền thống Huế pha lẫn chút kiến trúc cung đình với mái lợp ngói liệt, cửa sổ trang trí hình chữ "Thọ", xung quanh có tường thành bao bọc. Phía sau Chánh điện, cách một khu vườn lớn, ở giữa lưng chừng núi có gác Đại Từ, gian giữa thờ Phật, gian bên phải thờ Đức Quan Âm và gian bên trái thờ Bồ Tát Đại Thế Chí. Phía sau cùng, trên đỉnh núi là tháp Điều Ngự 3 tầng cao chừng 13m. Đứng ở tầng cao nhất của tháp, phóng tầm mắt ra xa là cảnh non nước hữu tình với đầm phá bát ngát mênh mông và núi non xanh lam mờ ảo.

Ngoài hệ thống kiến trúc mang đậm dấu ấn của phong cách kiến trúc triều Nguyễn, chùa Thánh Duyên còn có 113 cây cổ thụ có tuổi thọ từ 200 - 300 năm như thông, xoài, mù u, mít nài, mít, dầu lai, lim... Thầy trụ trì Thích Minh Chính cho rằng, những cây thông cổ thụ hiên ngang giữa trời như lời thơ của thi hào Nguyễn Công Trứ: “Kiếp sau xin chớ làm người - Làm cây thông đứng giữa trời mà reo” cũng chính là biểu tượng của ngôi quốc tự này.

Đường lên chùa chạy giữa những cây thông cổ thụ, rộng khoảng 5m, dài khoảng 50m, có tất cả 38 bậc tam cấp.Cả 3 kiến trúc là chùa, gác và tháp trải qua mấy trăm năm vẫn còn tồn tại và đã được trùng tu. Riêng tháp Điều Ngự, tọa lạc trên đỉnh núi mà từ đây có thể phóng tầm mắt nhìn toàn cảnh phá Tam Giang, cửa biển Tư Hiền và xa xa là Bạch Mã sơn.

Quốc tự Thánh Duyên trên Thúy Vân sơn là một dấu ấn đậm nét của quá trính mở mang bờ cõi của ông cha xưa. Túy Vân phong cảnh hữu tình, bốn mùa non xanh nước biếc, trên núi có chùa Thánh Duyên được phong vào hàng quốc tự, dưới chân núi có phá Tam Giang trời nước bao la thơ mộng, xứng đáng là một trong những thắng cảnh bậc nhất của xứ Thần Kinh.

Ngôi chùa này từng là nơi nhiều vị vua triều Nguyễn thành tâm đảnh lễ cầu cho quốc thái dân an. 

Từ trung tâm thành phố Huế, du khách có thể đi ôtô hoặc xe máy đến núi Túy Vân theo hai cung đường khác nhau. Tuyến thứ nhất dài khoảng hơn 50km, đó là từ thành phố Huế về Thuận An, rồi đi theo đường ven biển để đến núi. Tuyến thứ hai dài khoảng hơn 60km, theo đường Quốc lộ 1A đến đầu phía Bắc hầm đường bộ Phước Tượng thì rẽ trái theo đường Quốc lộ 49B đi khoảng hơn 10km nữa thì đến.

Ngày nay, đến với thắng cảnh chùa Thánh Duyên trên núi Túy Vân, du khách không chỉ được đắm mình trong cảnh Phật an nhiên để tĩnh tâm, gột rửa mọi muộn phiền, mà còn có cơ hội được khám phá vẻ đẹp bình dị mà nên thơ của những xóm chài ven phá Tam Giang, vùng đầm phá rộng lớn và kì bí nhất Đông Nam Á.

Dạo bước lên núi tham quan chốn cửa thiền, giữa cảnh bình yên non nước, khi bên tai chỉ còn lại tiếng lá rừng xào xạc xen lẫn trong tiếng rì rầm của sóng nước và tiếng kinh cầu man mác giữa buổi trưa hè, lòng người viễn khách bỗng trở nên thư thái lạ thường và bao nhiêu muộn phiền cũng dường như tan biến hết.