Ngày chính cử hành nghi lễ là ngày 23 tháng 5. Nhưng đối với các tư gia thì có thể tùy theo từng gia đình mà tổ chức từ 23 tháng 5 đến 30 tháng 5.
Với các tổ chức tập thể và thôn phường trong thành phố, ngày cúng lễ cũng không quy định một cách cứng rắn. Nhưng thông thường ngày chính lễ vẫn là ngày 23 tháng 5. Những tổ chức cúng âm hồn ngày 23 tháng 5 là do nhân dân tự động kết hợp tổ chức ở các thôn, xóm, phường, xã ở trong tỉnh, các người cùng nghề nghiệp, chung sinh hoạt như tiểu thương các chợ lớn, nhỏ, các khuôn hội, chùa chiền, các tổ chức từ thiện. Hầu như toàn thể gia đình và tổ chức tập thể ở Huế đều nao nức cúng âm hồn do xuất phát từ lòng cảm thương những người bị chết trong biến cố một cách bi thương và oan uổng, hồn bơ vơ vất vưởng, không có ai cúng cấp cho nên cúng âm hồn có ý nghĩa cao đẹp là công cho "thập loại chúng sinh" chứ không hẳn cúng cho thân nhân trong gia đình mình. Tính nhân bản rộng lớn vả đẹp đẽ là ở chỗ đó.
Trong ngày lễ vô số rạp được dựng lên để cúng âm hồn trong thành phố. Nhạc cúng lễ vang động khắp nơi, hương trầm nghi ngút tỏa cả đêm lẫn ngày. Ban đêm các thời cúng của từng gia đình được đặt trước mặt nhà, hương đèn được đặt sẵn.
Lễ vật cúng ít nhiều tùy gia cảnh nhưng tối thiểu phải có chè, cháo, gạo muối, bông ba hoa quả, hương, nhang trầm, hột nổ, áo binh, giấy ngũ sắc cau trầu rượu. Đặc biệt trong lễ cúng, từ gia đình cho đến tập thể, phải nhớ có một bình lớn nước hoặc một thùng nước chè đầy và một đống lửa đốt bên cạnh bàn thờ cúng. Người cúng tin rằng các âm hồn sẽ đến uống nước và sưởi ấm bên đống lửa, vì nhiều người trong biến cố đã chết khát, và chết lạnh lẽo dưới ao, hồ, sông suối.
Đó là lòng thương người chết vất vưởng dọc đường, dọc sá nên bàn cúng phải đặt trước sân (nếu là người thân và chết ở trong nhà thì mới bày bàn cúng ở bàn thờ). Rõ ràng tập tục cúng âm hồn này thể hiện một tấm lòng nhân hậu bao la của người cư dân xứ Huế.
Nghi thức cúng âm hồn trang trọng nhất được tổ chức tại các am miếu trong thành phố Huế. Miếu âm hồn được thành lập lâu năm nhất là ngôi miếu ở góc đường Mai Thúc Loan và Lê Thánh Tôn hiện tại, nằm ở phía đông nội thành, cách cửa Đông Ba chừng 300 mét, ngôi miếu này được xây dựng vào năm 1895, sau biến cố thất thủ kinh đô mười năm, trải qua các cuộc đổi thay, nay vẫn còn.
Tiến trình nghi lễ cúng tại miếu âm hồn hằng năm như sau:
Ngày 22 tháng 5, dựng rạp ngoài trời, trang hoàng khu vực cúng tế ở miếu và bàn cúng lễ ở ngoài trời. Có năm lại thiết lập đài chiến sĩ trận vong trước miếu.
Sáng 23 tháng 5, khoảng 7 giờ sáng làm lễ khai kinh, tụng kinh.
Trưa 23 tháng 5, cúng ngọ theo nghi thức tôn giáo.
Chiều 23 tháng 5, lúc 14 giờ làm lễ tế cúng âm hồn theo nghi thức tế lễ của Khổng giáo. Quan trọng nhất là ông chủ tế và ông xướng lễ. Tại đài chiến sĩ trận vong thì làm lễ truy điệu.
Buổi lễ kéo dài suốt cả buổi chiều. Phần chính trong buổi lễ là đọc văn tế. Qua nhiều bản văn tế sưu tầm được, chúng ta thấy người viết văn đã truyền một niềm xúc động vô biên cho người dự lễ:
“Lô nhô trẻ dìu già, ông dắt cháu, chân còn đi đầu gục lìa vai.
Lao nhỏ con khóc mẹ, vợ kêu chồng, tiếng chưa ngớt xương đã chất đống.
Oan uổng quá mấy ông trên võng, thình lình sét đánh, sống chẳng trọn đời.
Tội tình thay lũ trẻ trong nôi, cắt cớ sao sa, chết đờ trắng bụng.
Thương mấy cụ khiêng sơn nón đấu, nặng nợ cơm vua áo chúa, được da ngựa bọc thây mới sướng, tức vì sao "tử bất thành danh"
Tủi mấy cô áo chít quai trơn, vui niềm tài tử giai nhân, nỡ vũng bùn chôn ngọc cho cam, uổng cái sổ “sanh nhi vô dụng".
Trước một trận mưa đen mịt tối, tất thảy người mà tự thảy quỷ, một vùng chôn kẻ cực người sang. Sau ba hồi trống dục loa dồn, biết phận là biết đâu duyên, ba thước lấp anh hay chú vụng".
Người gây ra thảm cảnh đó là quân đội xâm lược Pháp:
“Ai ngờ vận trời năm Ất Dậu, tiết tháng năm còn dưới tuần trăng.
Ghê thay luồng sóng ở Tây phương, quân đội Pháp kéo lên bắn tóe.
Trận khói lửa đưa người chín suối, mất xác mất thây.
Nào sang hèn rồi kiếp ba sinh, hết hồn hết vía”
Trước thảm cảnh đó, cầu mong cho các hồn chóng siêu thoát, xin tinh linh các đấng phò trì cho Tổ quốc trường tồn. Đó là ý nghĩa mà bài văn tế muốn truyền đạt:
“Nào hồn đông hồn tây, hồn nam hồn bắc, chẳng đâu không gọi hồn về.
Hỡi cô phu, cô phụ, cô tử, cô thần, may hãy còn mình, mình cúng
Cúng cha anh chú bác, thím mợ cô dì ta cả thảy, đau đoàn sau cùng đau đoàn trước, tình nhất sinh nhất tử sơ khác gì thân.
Này hương hoa vàng giấy, xôi rượu muối trà, chút gọi rằng nếm lấy hơi, xin nếm lấy lòng, nghĩa đồng chủng đồng bào, thác xem như sống.Hỡi tinh linh các đấng, phòng trì cho Tổ quốc trường tồn
Này quốc ngữ đôi hàng, ao ước những chí thành năng động. Thương ôi! Xin hưởng"
Buổi tối là lễ đăng đàn chẩn tế do các nhà sư đảm nhiệm. Chủ lễ là một vị hòa thượng, tuổi cao đức trọng, đứng dọc hai bên là sáu vị kinh sư. Ý nghĩa của lễ đăng đàn này là cầu nguyện cho các hương linh được siêu thoát. Sau cuộc lễ là hình thức phóng sinh: chim, lươn, cá v.v…
Trong lễ “đăng đàn chẩn tế”, vị hòa thượng chủ lễ thỉnh thoảng lấy tay vốc từng nắm xôi và đồng tiền kẽm đặt sẵn trong một cái khay lớn vất ra sân. Đám trẻ con chen chúc nhau lượm các đồng tiền trên lấy đây đeo cổ để trừ yêu ma quỷ quái.
Sau kỳ lễ tế, vào ngày 12 tháng 6 âm lịch có tục đi chạp mộ tập thể những người tử nạn trong ngày thất thủ kinh đô (địa điểm gần lăng cụ Kinh Tế, trên đường vào chùa Trà Am, có hai đám mộ tập thể chôn người tử nạn trong biến cố 23/5) tại núi Ngự Bình (những người này được vùi sơ sải, đến khi dọn tử thi trong thành nội, người ta nhận thấy khu vực có nhiều tử thi nhất là vùng sát với miếu âm hồn hiện tại. Có lẽ con đường dẫn đến cửa Chính Đông là con đường dân chúng ào ào chạy loạn, quân Pháp vào thành cũng theo cửa Chính Đông nên sự sát hại thật thảm khốc. Khi đào mộ cải táng, người ta thấy có mũ mang, bài ngà quan lại lân xác ngựa).