Với lối kiến trúc đơn giản, Di tích lịch sử Nghĩa địa và Chùa Ba Đồn mang vẻ thâm u, tĩnh mịch trải dài theo lối mòn từ cổng chính (nay đã được bê tông hóa).
Cổng chùa chỉ có hai trụ, bên trái xây một trụ phụ cao chừng 2 mét, đầu trụ gác ngang bảng tên Chùa Ba Đồn. Hai trụ chính có hai câu đối chữ Hán:
Chinh chiến kỷ năng hồi, linh tích thiên thu bằng thử địa
Thân sơ vô dị trí, tâm hương nhất triện vấn thùy nhân
Dịch nghĩa:
Chinh chiến mấy ai về, ngàn thuở dấu thiêng còn khắp chốn
Xa gần đều kẻ biết, một lòng kính ngưỡng kể bao người
(Dịch nôm của Nguyễn Quan Hà)
Di tích lịch sử Nghĩa địa và Chùa Ba Đồn có Tam đàn ngũ trảu (Ba nghĩa địa lớn, năm nghĩa địa nhỏ). Trên ba nghĩa địa rộng có các bia mộ, trên mỗi bia đều khắc dòng chữ “Ân Tứ Hiệp Tán Vô Tư Chi Mộ” có nghĩa là “Vua ban cho chung những mộ hoang vô chủ”. Trong quá trình chôn cất, vua ra lệnh không làm nấm mà cho xây thành xung quanh vì ngăn mất xác. Vì vậy, từ cổng chính đi vào chính điện, người ta chỉ thấy mảnh đất bằng phẳng trải dài nhưng thực chất dưới lớp cỏ xanh chính là một ngôi mộ tập thể lớn nhất cả nước.
Ở Tòa nội điện được xây dựng theo kiểu năm gian hai chái. Gian giữa thờ Phật, trên cao có tượng Thích Ca, có hoành phi 4 chữ: Từ Bi Vô Lượng, xuống có tượng Ngọc Hoàng Thượng Đế, bên phải có Nam Tào, trái có Bắc Đẩu. Sau bàn thờ Phật là bàn thờ Hội Đồng các Quan có bài vị: Hàn Lâm Pháp Hội. Các gian kế bên phải thờ: Hương linh anh hùng tuẫn tiết - Thờ Cô hồn – Thờ Hương linh bổn tự. Các gian kế bên trái thờ: Nam nữ nạn vong – Thờ Phưởng hồn (vong hư sẩy) – Thờ Hương linh các Phổ hội.
Trước sân chánh điện có bàn thờ ngài Địa Tạng Vương Bồ Tát, và ngài Tiêu Diện Đạo Sĩ. Các hoa văn trong kiến trúc ở các công trình này cũng được sử dụng các hình ảnh quen thuộc trong kiến trúc đền, chùa, miếu mạo ở Huế như hạc trên lưng rùa, lưỡng long chầu nguyệt, hoa sen, voi, hổ... được đắp nổi bằng xi măng có kết hợp nghệ thuật đắp sành, sứ.
Hơn 200 năm tồn tại, Di tích lịch sử Nghĩa địa và Chùa Ba Đồn là nơi an nghỉ của hàng chục ngàn linh hồn của những người vô danh vì trải qua rất nhiều lần quy tập với số lượng lớn. Chùa Ba Đồn vì vậy được xem là nơi có mộ tập thể lớn nhất nước ta, và cũng vì nơi đây là nơi tập trung những ngôi mộ hoang vô chủ, vì vậy nổi tiếng rất linh thiêng. Cùng những câu chuyện ly kỳ được truyền miệng trong dân gian xung quanh Chùa Ba Đồn, dù thực hư chưa rõ ràng và cũng khó kiến giải nhưng càng khiến cho nơi đây trở thành chốn linh thiêng để ngày ngày trở thành điểm đến để xin quẻ, xin xăm may mắn của nhân dân và du khách gần xa khi đến Huế.
Đến với Huế, đừng quên ghé Chùa Ba Đồn để có cơ hội chiêm bái địa danh nổi tiếng này.