Năm 1899, thực dân Pháp lấy một phần khu đất trại Thủy Sư triều Nguyễn làm trại giam chính của phủ Thừa Thiên, cái tên Thừa Phủ bắt đầu từ đó, trở thành "địa ngục trần gian" trong lòng thành phố Huế.
Cách mạng tháng Tám thành công ở Thừa Thiên Huế (23/8/1945), lao Thừa Phủ bị đập phá nhiều chỉ giữ lại một số buồng giam để giữ bọn phản cách mạng thân Nhật.
Sau khi chiếm lại Huế, thực dân Pháp đã cho xây dựng lại. Sau ngày trở lại xâm lược Việt Nam lần 2, thực dân Pháp vẫn tiếp tục sử dụng lao Thừa Phủ để làm nơi giam giữ và tra tấn các chiến sĩ Cộng sản.
Giai đoạn 1954 - 1975: Khu nhà giam lao Thừa Phủ được sử dụng dưới chế độ cai trị của Mỹ - Diệm với nhiều nét mới và được xây dựng theo hướng hiện đại hơn (xây mới, sửa sang hệ thống phòng thủ; hàng rào kẽm gai; trang bị súng ống các loại; hệ thống mìn định hướng...). Sau khi nhận thất bại hoàn toàn ở chiến dịch Điện Biên Phủ và ký kết hiệp định Giơ-ne-vơ năm 1954, thực dân Pháp phải rút khỏi nước ta, kết thúc chiến tranh, lập lại hòa bình ở Đông Dương đồng thời chấm dứt luôn thời kỳ đen tối mà thực dân Pháp đã gây ra khi cai trị ở lao Thừa Phủ.
Nhà lao Thừa Phủ thời Mỹ chiếm đóng (ảnh tư liệu)
Sau năm 1954, dưới chính quyền Việt Nam Cộng hòa của tổng thống Ngô Đình Diệm, "bạo chúa miền Trung" Ngô Đình Cẩn (em trai của Ngô Đình Diệm) đã cho cải tạo lao Thừa Phủ thêm nhiều khu nhà biệt giam, hầm tối, chuồng cọp để làm nơi giam giữ và tra tấn những chiến sĩ Cộng sản và những người yêu nước bị chúng bắt giam tại đây.
Từ sau năm 1975, nhà lao Thừa Phủ tiếp tục trở thành trại tạm giam của tỉnh Bình Trị Thiên và của tỉnh Thừa Thiên Huế, duy trì cho đến năm 2010.
Đến năm 2010, để thực hiện Dự án mở rộng Trung tâm điều trị theo yêu cầu của Bệnh viện Quốc tế - Trung ương Huế, lao Thừa Phủ được di dời đi nơi khác, chỉ giữ lại một phần để tôn tạo Khu chứng tích lao Thừa Phủ.
Từ năm 2019, lao Thừa Phủ được UBND tỉnh Thừa Thiên Huế phê duyệt đầu tư dự án bảo tồn và phục dựng giá trị, triển khai thực hiện trong 2 năm 2019 - 2020.