Dưới thời Nguyễn, Miếu Tiên Y là một trong những miếu thờ có tầm quan trọng đặc biệt. Miếu được xếp vào hàng quần tự, hàng năm có quan tam phẩm và Thái Y Viện đến cúng tế.
Theo Đại Nam Nhất Thống Chí bản khắc in năm 1909, Quốc Sử Quán triều Duy Tân ghi lại về Miếu Tiên Y như sau: “Ở phường Thường Dụ phía tả trong kinh thành, năm Minh Mạng thứ 6 (1825) dựng ở phía tả chùa Thiên Mụ, năm Tự Đức thứ 2 (1849) dời đến đây. Chính đường 3 gian 2 chái, thờ Phục Hy, Thần Nông, Hoàng Đế và các vị Tiên Y. Hai tháng trọng xuân trọng thu, Viện Thái Y đến tế. Năm Thành Thái 15 (1903) làm thêm hai nhà ở tả hữu” (Bản dịch của Tu Trai Nguyễn Tạo, trang 45)1
Miếu Tiên Y thời Tự Đức thờ tổng cộng 40 bài vị, trong đó có hai bài vị thờ các danh y của đất nước, gồm: bài vị thờ các danh y đời trước của nước Việt Nam và bài vị thờ các danh y đời trước của triều Nguyễn. Như vậy, cùng với Văn Miếu, Võ Miếu, Y Miếu cũng là thiết chế văn hóa quan trọng của triều Nguyễn.
Sau khi triều Nguyễn chấm dứt, ngôi miếu đã bị bỏ hoang cho đến năm 1991, các vị bô lão địa phương đã tự nguyện đóng góp xây một ngôi miếu nhỏ ba gian làm bằng xi măng cốt thép có chiều dài 3,5 m, rộng 1,1 m và cao 2,3 m.
Năm 2002, UBND tỉnh Thừa Thiên Huế cấp kinh phí để trùng tu, tôn tạo lại. Mặc dù đã bị thay đổi về mặt kiến trúc (Miếu Tiên Y được xây dựng lại khang trang theo kiểu nhà thờ truyền thống của Huế trên diện tích 300m2) nhưng miếu Tiên Y hiện nay vẫn tọa lạc ở vị trí cũ và vẫn giữ nguyên chức năng (nơi thờ cúng các bậc Tiên y, Thánh y) như dưới thời Nguyễn.
Miếu Tiên Y (Ảnh: Trần Thái Sơn)
Những năm gần đây, Hội đông y Thừa Thiên Huế đã tiến hành tôn tạo ngôi miếu và thiết lập thêm bài vị của Hải thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác và Tuệ Tĩnh thiền sư, hai vị danh y nước nhà và tiến hành khôi phục lại nghi lễ tế danh y Việt Nam và tưởng niệm ngày mất của Hải thượng Lãn Ông tại Tiên Y miếu vào dịp rằm tháng Giêng, để tưởng nhớ các bậc danh y Việt Nam và xem đây cũng là ngày lễ truyền thống của ngành Đông Y.