Vào năm 1884, thực dân Pháp đã chiếm trọn hai miền Nam Bắc. Sang năm 1885, Kinh thành Huế lâm nguy khi quân Pháp đồn trú tại đây ra lệnh cho sĩ phu và dân chúng tuân phục hoàn toàn chính thể bảo hộ. Trước tình thế hiểm nghèo, vào đêm ngày 4 rạng ngày 5/7/1885, Thượng Thư Bộ Binh Tôn Thất Thuyết và Đề Đốc Trần Xuân Soạn đã chỉ huy 20.000 binh lính mở cuộc tổng tấn công vào thành lũy của quân Pháp ở Toà Khâm và Mang Cá. Thượng thư Tôn Thất Thuyết đã chuẩn bị rất chu đáo và quân ta chiến đấu rất gan dạ, nhưng cuối cùng cuộc tấn công cũng bị thất bại.
Rạng sáng, quân Pháp bắt đầu phản công dưới sự chỉ huy của Thiếu tá Pernot. Chúng chia quân làm ba ngả để tiến vào Kinh thành và nhanh chóng làm chủ tình hình. Quân triều đình không giữ nổi thành phải tháo chạy, bị toán quân Pháp bao vây. Một cuộc giết chóc tàn bạo chưa từng có đã xảy ra: Hơn 1.500 người dân và binh lính triều đình đã thiệt mạng trong đêm hôm đó. Hầu như không có gia đình nào ở Kinh thành không có người bị tử nạn trong đêm binh hinh hoàng này. Sau cuộc chiến, quân Pháp gom xác người chết và chôn tại một số địa điểm trong Kinh thành Huế.
Năm 1895, khi thực dân Pháp tiến hành quy hoạch, điều chỉnh lại đường phố Huế, nhiều nơi trong Thành Nội đã phát hiện được hố chôn tập thể của hàng trăm hài cốt, tập trung nhiều nhất ở rãnh cống khu vực Hồ Phu Văn (miếu Âm Hồn ngày nay). Đây là hài cốt của những người chết trong biến cố “Thất thủ kinh đô” đêm ngày 22 rạng ngày 23 tháng 5 năm Ất Dậu (tức ngày 5 tháng 7 năm 1885). Để tưởng nhớ những người đã chết vì vận nước, nhân dân tự quyên góp tiền của, xây dựng ngôi miếu Âm Hồn và lấy ngày thất thủ kinh đô 23 tháng 5 hàng năm làm ngày húy kị “quảy cơm chung”.