Bắt đầu từ thập niên 20 của thế kỷ XVI, vùng đất Thuận Hóa lại xảy ra nhiều bất ổn, bắt đầu từ việc các quan lại địa phương lộng quyền, chia bè phái, vơ vét của cải, nhũng nhiễu nhân dân, làm cho cuộc sống của người dân ngày càng khó khăn. Đặc biệt, năm 1527, Mạc Đăng Dung cướp ngôi nhà Lê, Thuận Hóa bắt đầu một thời kỳ đầy biến động.

Sau khi Mạc Đăng Dung cướp ngôi một số dòng tộc, gia tộc bỏ đất Bắc di cư vào châu Hóa lập nghiệp.

Phó tướng Thuận Hóa là Hoàng Công Châu chống mệnh vua Mạc, chắn thuyền ngang cửa biển Nhật Lệ chiến đấu khi Mạc Quyết (em của vua Mạc) thống lĩnh quân đội tuần du Thuận Hóa. Ông bị bắt đưa về kinh xử chém.

Năm 1531, các bề tôi cũ của nhà Lê là Bích Khê hầu Lê Công Uyên, Nguyễn Ngãi, Nguyễn Thọ Trường và Nguyễn Nhân Liễn dấy quân ở Thanh Hóa và các địa phương Tân Bình, Thuận Hóa. Cả một dải đất từ Thanh Hóa đến Quảng Nam nổi loạn. Năm 1547, con trai thứ của Mạc Đăng Dung dấy quân tranh chấp ngôi vua với Mạc Phúc Nguyên tại đất Bắc, vùng Hóa Châu lại biến động. Nhà Mạc liên tục phải cử quan quân vào đánh dẹp.

Năm 1548, lực lượng phục hưng triều Lê do Nguyễn Kim lãnh đạo ngày càng lớn mạnh thu phục cả vùng Thanh Nghệ, vùng đất Thuận Hóa trở thành nơi tranh chấp giữa nhà Mạc với lực lượng này. Sau khi quân nhà Mạc bị tiêu diệt, nhà Lê đặt các quan phủ huyện và quan tam ty, mở trường dạy học, khuyến khích phát triển nông nghiệp, tu bổ đề điều, phát triển thương nghiệp, củng cố quân đội.... từ đó Thuận Hóa mới trở lại yên ổn.

Trong hơn 200 năm (từ thế kỷ XIV đến thế kỷ XVI) Hóa Châu đã có sự phát triển vượt bậc về kinh tế, văn hóa, giáo dục. Sái Thuận, một nhà thơ đất Bắc trong một lần vào Hóa Châu đã làm thơ ca ngợi:

“Ghe thuyền nườm nượp khắp đông tây

Cầu mống giăng sông cửa nước đầy”

(Dịch Thuận Hóa thành tức sự)

Cho đến thế kỷ XVI, ở Thừa Thiên Huế đã có khoảng 180 làng, 50 thôn, sách, nguồn. Dân các làng thôn đa số sống ở vùng trung lưu và hạ lưu các sông Bồ, sông Hương, sông Phù Bài, sông Nong, sông Truồi, sông La Ỷ, sông Mộc Hàn và ven đầm phá cũng như dọc theo đồi cát ven biển.

Trung tâm của Hóa châu là phủ Triệu Phong với lỵ sở là thành Hóa Châu, nơi đặt nha môn của Tam ty, với phủ thự, trường học, binh xá của vệ sở làm cho cả một vùng làng mạc xung quanh sầm uất, phồn thịnh.

Cư dân sinh sống chủ yếu bằng nghề nông, các làng ven biển vừa làm ruộng, vừa đánh cá, làm muối, đóng thuyền, ngoài ra còn phát triển các nghề thủ công: rèn, làm giấy, gốm, đan lát, dệt vải..., còn có các làng nghề làm bột, làm bún. Bên cạnh làm nông, việc chăn nuôi chủ yếu nuôi trâu bò để lấy sức kéo và gia súc, gia cầm để làm cỗ cúng tế, số lượng ít ỏi và có xu hướng tự cung tự cấp.

Về phát triển thương ngiệp, bên cạnh những chợ làng, chợ